Stofnun jarðgerðarstöðvar í Eyjafirði á rætur að rekja til starfs matvælaframleiðenda innan Vaxtarsamnings Eyjafjarðar. Í framhaldi af því tók Norðlenska frumkvæði í forathugunum á möguleikum á byggingu jarðgerðarstöðvar. Hugmyndir þar að lútandi voru kynntar sveitarfélögum og fyrirtækjum undir lok árs 2006.
Í framhaldinu var stofnað einkahlutafélag, Molta ehf. sem vann áfram að verkefninu. Að félaginu komu öll sveitarfélög í Eyjafirði, allir stærstu matvælaframleiðendur á Eyjafjarðarsvæðinu og fleiri aðilar. Framkvæmdir við byggingu jarðgerðarstöðvar Moltu hófust í ágúst 2008 og tilraunavinnsla hófst 16. júní 2009. Jarðgerðarstöðin var síðan opnuð formlega 21. ágúst 2009.
Samkvæmt lögum nr. 55 frá 2003 og reglugerð nr. 737 frá sama ári um meðhöndlun úrgangs er kveðið á um að árið 2009 verði urðað minna en 75% af þeim úrgangi sem til féll árið 1995, árið 2013 verði hlutfallið komið niðurfyrir 50% og viðmiðunartalan er 35% árið 2020. Áætlanir um jarðgerðarstöð Moltu tóku mið af þessu en í þeim er miðað við að þar verði unnið úr um 10 þúsund tonnum af lífrænum úrgangi á ári.